Chaque deck comporte une créature légendaire désignée comme étant le commandant. Cette désignation n'est pas une caractéristique de l'objet représenté par une carte ; à la place, il s'agit de la carte en elle-même. La carte garde cette désignation même si elle change de zone.
Exemple : Un commandant qui est retourné face cachée (par l'effet d'Ixidron par exemple) est toujours un commandant. Un commandant qui copie une autre carte (par l'effet de Cytoforme, par exemple) est toujours un commandant. Un permanent copiant un commandant (comme par exemple une Doublure, qui copierait un commandant dans le cimetière d'un joueur) n'est pas un commandant.