j'attaque avec Phytohydre , mon adversaire bloque avec une créature 2/2 infection (ou fletriture) , Phytohydre gagne 2 marqueurs +1/+1 et 2 marqueurs -1/-1?

Non. Une créa avec infection ou flétrissure inflige ses blessures sous forme de marqueurs -1/-1.

Sauf que les blessures devant être infligées à l'hydre sont remplacées par le placement de marqueurs +1/+1 sur l'hydre. Remplacées. Donc l'hydre n'est jamais blessée et une 2/2 infection ou flétrissure n'inflige pas non plus de blessures à l'hydre, tout comme une créature normale.

Non, l'effet de remplacement de ta Phytohydre l'empêchera de se prendre des blessures, et donc d'avoir les marqueurs -1/-1 propres aux blessures en question.
Ta Phytohydre gagnera seulement 2 marqueurs +1/+1